1. Наиболее часто встречается стук клапанов характерный звук "цик-цик" или "цок-цок" хорошо слышен в районе головки двигателя устраняется установкой зазора клапанов 0,05 мм, для этого используется щуп.
2. Еще один стук так же распространенный в двигателях этого типа это стук газораспределительного механизма (ГРМ) очень похож на звук ручной швейной машинки (в тяжелых случаях "как трактор" - очень хорошо слышен на малых оборотах примерно до 3000 об/мин, для его устранения потребуется больше времени и терпения, а так же частичная разборка двигателя. Для этого нужно снять левую крышку двигателя с катушками зажигания, снять колокол генератора снять крышку - люк и вы увидите (рис 2.) нужно проверить состояние демпфирующего резинового колпачка который находится на гидронатяжителе и контактирует с "коромыслом" (рис3) я его заменил на фторопласт. Далее нужно попробовать надавить на гидронатяжитель, исправный должен очень туго уходить вниз - значит шариковый клапан работает - если уходит легко и при этом масло брызгами выплескивается вверх - значит он не работает, работает только пружина, необходима замена гидронатяжителя так как он ремонту не подлежит (исправный рис 4,5). Далее проверяем состояние роликов ГРМ (не считая привода маслонасоса их два - распорный без зубчиков находится в цилиндре и зубчатый на "коромысле) - они должны , быть целыми. Если все перечисленное в порядке, начинаем дорабатывать (чтоб потом не получилось так - все на месте и исправно-собрал-все равно стучит) нужно измерить люфт на коромысле, если он чувствуется от руки то можно изготовить шайбу из жести чтоб уменьшить люфт (рис 6) рис 7 - с комментарием. При сборке (если нет новой) не забудьте растянуть пружину на 1-1,5 см - она слегка садится за время своей "жизни" 
3. Продолжаем - еще одно место которое может выдавать посторонние шумы - коленвал, есть основные точки износа: 
- шатун - верхняя шейка куда вставляется палец поршня, сами бобышки поршня, нижняя шейка шатуна (роликовые подшипники) - при таких повреждениях или существенном износе как правило коленвал подлежит замене.
Бывает еще и люфт опорных подшипников коленвала чаще всего это выглядит так - вращение наружной обоймы подшипника коленвала в посадочных гнездах в половинках картера (рис8) решают эту проблему по разному но мне наиболее приемлем следующий метод который описал sgl57 (Сергей Геннадьевич)
"Подшипники никогда нельзя и близко подносить к работающей сварке. Если даже ты заземлил саму обойму и тыкаешь в нее, все равно искры летят и очень возможно попадают на шары и сепаратор.Если же не снимал подшипников с коленвала и заземлил какую-то удобную его часть, то тут вообще дрова! Такие подшипники надо сразу выкидывать, если ток прошел через шары со всеми вытекающими...Именно поэтому и делается то же самое, но только с ПОСАДОЧНЫМ МЕСТОМ В КАРТЕРЕ. Вот там сверкай хоть до посинения, но усердствовать тоже не стоит с уплотнением верхней обоймы. Даже незначительные десятки мм уже сдавливают, затрудняют вращение и создают повышенную напряженность металла. Может запросто лопнуть от этого." (с)
4. Еще один из распространенных случаев постороннего стука в данном двигателе может быть стучек со стороны сцепления, при выжиме которого он уменьшается или исчезает полностью. Причиной тому служит втулка, указанная на фото 11. Дело в том, что она испытывает некое масляное голодание, из-за чего и происходит хоть незначительный (а она - стальная), но износ. Масло не в состоянии перекрыть образовавшийся зазор, отсюда и постукивание. Как правило, этот незначительный стучек не критичен (на моей памяти еще ни у кого проблем с двигателем или сцеплением из-за этого не возникало). Корзина сцепления за счет веса сама служит как бы некоторым эксцентриком и противовесом. Из-за увеличенных зазоров и масла пониженной вязкости этот стук и может проявляться, тем паче, на малых оборотах, ведь с их увеличением стук пропадает за счет центробежной силы и под давлением масла.